La Comarca de Ayala presenta deficiencias en cuanto a la depuración de sus aguas residuales. Dado que las obras se han declarado de interés general, es el Estado quien debe ejecutar las Estaciones Depuradoras de Aguas Residuales (EDAR) de Markijana y Basaurbe, así como los correspondientes colectores que transporten las aguas residuales desde las localidades hasta estas EDAR.Mientras se espera a que el Estado ejecute estas infraestructuras para resolver la depuración de las aguas residuales de Ayala, se ha creado una mesa de trabajo donde están representados los Ayuntamientos y Concejos afectados por estas infraestructuras, junto con el Consorcio de Aguas Kantauriko Urkidetza, Diputación Foral de Álava y la Agencia Vasca del Agua (URA). Su objetivo es mejorar en lo posible la gestión de las aguas residuales e ir adaptando las redes de saneamiento y vertidos a la situación futura de la puesta en marcha de las EDAR. Entre los logros obtenidos por esta mesa de trabajo se encuentra por una parte la elaboración de una cartografía digital de toda la red de saneamiento que recoge todos los vertidos que finalmente se tratarán en las EDAR a construir. Otro logro es un inventario y programa de limpieza de las actuales fosas sépticas públicas que se encuentran antes de los puntos de vertido con lo que se garantiza que, aunque con sistemas de depuración insuficientes, se hace todo lo posible por verter al medio las aguas más depuradas posibles.
Además se han actualizado, o se está en trámites para lograrlo, todas las autorizaciones de vertido de las localidades que van a verter a las futuras EDAR. En estas, URA, establecerá los condicionantes a cumplir para lograr que hasta la puesta en marcha de las EDAR los vertidos sean lo más adecuado posible y las obras a realizar para ir adaptando las actuales redes de saneamiento a las futuras necesidades de las EDAR. Un cuarto aspecto importante es que el Consorcio de Aguas Kantauriko Urkidetza está redactando una ordenanza de vertidos a colector, la cual estará vigente a lo largo de 2017, con la que se pretende que los vertidos que se realizan desde los abonados, especialmente abonados industriales, a las redes de saneamiento sean adecuados para su tratamiento por las futuras EDAR. Finalmente, desde el Consorcio también se está impulsando un programa de control y vigilancia de los vertidos, que se espera esté operativo a finales de 2017, mediante el cual se puedan detectar los vertidos indebidos o peligrosos que se produzcan, evitando que se vuelvan a producir y sancionando, si así fuese necesario, a los infractores.